fpkm值的意义

问题描述

精选答案

fpkm不能代表表达量。fpkm是衡量基因相对表达量一个公式。

FPKM是将Map到基因的Fragments数除以Map到Genome的所有Read数(以Million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。适用于单端和双端测序。

FPKM和RPKM的区别：

不同点就是FPKM计算的是片段（fragments），而RPKM计算的是数据（reads）。

Fragment比read的含义更广，因此FPKM包含的意义也更广，可以是pair-end的一个fragment，也可以是一个read。

FPKM和RPKM RPKM代表每千个碱基的转录每百万映射读取读数。 FPKM代表每千个碱基的转录每百万映射读取的碎片。

其他回答

芹菜说心理

虽然大于0认为是表达（实际上有的时候，检测小于0.05的时候就认为没有表达，统一归为0了），但是更多的文献认为FPKM大于等1 是有效表达，值越大也确实是表达水平高。