员工借支单从工资内扣的会计怎么做分录

要分情况来定吧，

1、如内账员工预支时有做“其他应收款”，发放工资时就应冲减“其他应收款”；

预支分录为：借：其他应收款2000

贷：库存现金

2000

计算实际工资分录为：借：生产成本——工资等科目

5000

贷：应付职工薪酬5000

发放工资时分录：

借：应付职工薪酬 5000

贷：其他应收款2000

库存现金3000

2、还有是出纳把借条当作现金，俗称“不作账”

计算实际工资分录为：借：生产成本——工资等科目

5000贷：应付职工薪酬5000

发放工资时分录：

借：应付职工薪酬 5000

贷：库存现金5000

此种作法要把借条还给员工，借条当作现金