上一季度的报表申报，把收回的多年前的货款计入收入，导致营业收入多记了3万，本季度账上如何处理和申报

不是这样处理的，应该先把上一季度的该笔凭证冲红，再记录一笔正确的凭证。

如：借：银行存款 （红字）

贷：主营业务收入 （红字）

应交税费-应交增值税（销项税额） （红字）

再做一笔正确的：借：银行存款

贷：应收账款

因为你上季度的报表已经申报了，增值税也确认了，上季度多缴纳的增值税在本月销项中去抵扣的，但是由于这季度申报表成负数了，也就产生了留抵税额留在下季度继续抵扣。

这种情况下，季度申报表为负很正常的，没关系。