总机构提取管理费是否可以在税前扣除

根据《国家税务总局关于总机构提取管理费税前扣除审批办法的补充通知 国税函[1999]136号 以下简称通知》中第一款第四条的规定 “对母子公司体制的，管理费提取原则上仅限于全资子公司。”你公司属于集团公司的一家控股子公司，所以在控股关系上不符合。

1、计提的比例：根据《通知》第二款第二条“管理费提取采取比例和定额控制。提取比例一般不得超过总收入的2%。”贵公司提取的比例为5%，已经超过了标准。

2、计提的依据不恰当：根据《通知》第四款第一条的规定“由总机构向所在地主管税务机关提出申请，税务机关逐级审核上报。”也就是说，你应该以总机构获得的主管税务机关的审批文件为法定依据，而不能以集团公司的内部文件为依据。

3、相关的一些处罚规定：对纳税人有意弄虚作假骗取审批管理费、多提管理费以及未经批准提取管理费的，税务机关不予审批，税前不准扣除，已审批的要撤销审批，进行纳税调整。