公司应该同时设立应付和预付账款两个科目吗

不需要，公司不应该同时设立应付和预付账款两个科目。

“预付账款”科目用于核算预付账款的增减变动及其结存情况。预付账款不多的企业，可以不设置“预付账款”科目，直接通过“应付账款”科目核算。可以用应付账款来做分录，应付账款借方余额，就是代表你多支付给人家的款项，贷方就是代表你欠人家的款项。

为了避免债权债务混淆，一般一项业务只设立一个往来账户，账户余额的应收应付性质是由余额的借贷决定的。当一个结算账户的余额为借时，它的性质就是应收款或应收的，即便这个账户的科目叫应付款。当一个结算账户的余额为贷时，它的性质就是应付款或应付的，即便这个账户的科目叫应收款。

假设预付对方款项40元买入原材料，应做分录：

借：预付账款 40

贷：银行存款 40

实际双方结算时这批材料总共是100，那么应该做分录：

借：原材料 100

贷：预付账款 100

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