公积金超上限如何扣税

根据《财政部国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税〔2006〕10号）及相关规定，个人按照国家规定的范围和标准缴纳的住房公积金可以在计算应纳税所得额时予以扣除，不计入个人所得税的计税基数。但是，如果个人和单位缴存的住房公积金超出了规定的比例和标准，即超过了职工本人上一年度月平均工资的12%，那么超出部分需要并入个人的工资、薪金收入中，按照规定计征个人所得税。

具体来说，如果单位和个人缴存的住房公积金超过了职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，那么超出的部分应计入个人当期的工资、薪金收入，并按规定缴纳个人所得税。例如，根据《国家税务总局深圳市税务局关于调整深圳市2024年度个人所得税相关税前扣除及免征标准的通告》（2024年第7号），自2024年6月1日起，单位和职工个人缴存的住房公积金月平均工资不得超过43659元（14553元×3倍），超过此标准缴交的住房公积金，应将超出部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。

需要注意的是，以上信息以最新的官方通知为准，具体操作时应以当地税务机关的规定为准。