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南京工业大学提供多个硕士专业学位授权点，以下是部分专业列表：
工程硕士（机械工程领域、材料工程领域、动力工程领域、电子与通信工程领域、控制工程领域）
建筑学硕士
金融工程与风险管理
科技金融与投融资分析
材料与化工
生物与医药
化学工程与技术
土木水利
安全科学与工程
环境科学与工程
材料科学与工程
化工
化学与分子工程
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