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南京大学医学院目前开设的专业有：
临床医学（八年制）
临床医学（5+3一体化）
口腔医学（五年制）
基础医学
其中，临床医学和基础医学有一级学科博士点，口腔医学有一级学科硕士点，并且拥有临床医学博士后流动站。普通外科学是国家重点学科，而临床医学是江苏省重点学科。此外，根据最新的ESI数据库统计结果，南京大学医学院的临床医学学科已进入全球排名前1%
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