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中国医科大学目前共有多个系，包括但不限于以下几个：
基础医学院
第一临床学院
第二临床学院
第四临床学院
口腔医学院
公共卫生学院
法医学院
药学院
护理学院
医学影像系
医学信息学系
病理学系
生物医学工程学系
运动医学系
医学检验学系
理工学部
细胞生物学系
高等职业技术学院
网络教育学院
继续教育（成人教育）学院
实验动物部
北京分校
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