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集美大学的硕士研究生专业设置如下：
一级学科硕士点
交通运输工程
船舶与海洋工程
水产学
生物学
食品科学与工程
体育学
应用经济学
数学
中国语言文学
硕士专业学位点
农业推广硕士（食品加工与安全领域、农业信息化方向）
工程硕士（食品工程领域）
教育硕士
税务硕士
其他专业
工商管理
设计学
马克思主义理论
软件工程
机械工程
信息与通信工程
电子科学与工程等
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