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福州旗山校区是福建农林大学在福州地区大学城“两岸教育合作实验园区”建设的核心新校区。以下是一些入驻该校区的学院和科研机构：
1. 材料工程学院
2. 机电工程学院
3. 风景园林与艺术学院（合署艺术学院和园林学院）
4. 交通与土木工程学院
5. 国家菌草工程技术研究中心
6. 国家甘蔗工程技术研究中心
7. 种业创新研究院
此外，福建农林大学旗山校区还承担本科及高层次人才培养、高新技术研发、科技成果孵化与技术转移等功能。
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