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北京协和医学院本校最好的专业有药学、基础医学，这些学科在最新的教育部评级中都获得了A+级评分，位列全国的前前2%（或前2名）。当然北京协和医学院还有其他的优秀学科及专业，以下为北京协和医学院的全部学科及专业评分情况。
2024最新北京协和医学院专业排名一览
| 学科/专业 | 学科评级 |
|---|---|
| 药学 | A+ |
| 基础医学 | A+ |
| 临床医学 | A |
| 护理学 | A- |
| 公共卫生与预防医学 | B |
| 中药学 | B- |
| 中西医结合 | C+ |
| 图书情报与档案管理 | C |
| 公共管理 | C- |
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