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杭州医学院的学院设置包括以下几个主要学院：
1. 临床医学院
2. 医学影像学院
3. 检验医学院
4. 护理学院
5. 药学院（药物研究所）
6. 公共卫生学院（卫生学研究所、职业病防治研究所）
7. 基础医学与法医学院（病毒病研究所、寄生虫病研究所）
8. 信息工程学院（信息与教育技术中心）
9. 康复学院
10. 存济口腔医学院
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